Η συλλογή της Μόνιμης Έκθεσης του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηγουμενίτσας περιλαμβάνει εκθέματα που καλύπτουν, χρονολογικά, μία ιδιαίτερα μεγάλη περίοδο ανθρώπινης παρουσίας στον θεσπρωτικό χώρο, από τη Μέση Παλαιολιθική (100.000 χρόνια πριν από σήμερα) έως τους χρόνους της οθωμανικής κυριαρχίας (19ος αι. μ.Χ.).

Η πλειονότητα των εκθεμάτων χρονολογείται στην Ελληνιστική εποχή (330/325 - 167 π.Χ.), μία περίοδο ακμής των θεσπρωτικών πόλεων η οποία αντιπροσωπεύεται από πληθώρα ερευνημένων θέσεων, καθώς και στη Ρωμαϊκή εποχή (167 π.Χ. - 4ο αι. μ.Χ.) που για τη Θεσπρωτία, όπως και για την υπόλοιπη Ήπειρο σηματοδοτείται αφενός από τη συντριβή του Περσέα στην Πύδνα (168 π.Χ.) και την ακόλουθη καταστροφή των περισσότερων ηπειρωτικών πόλεων από τα στρατεύματα του Αιμιλίου Παύλου το 167 π.Χ., αφετέρου από τη διαίρεση της Ηπείρου σε Παλαιά (Epirus Vetus) και Νέα (Epirus Nova), στα τέλη του 3ου αι. μ.Χ. και τη σταδιακή επικράτηση του Χριστιανισμού.

Τα εκθέματα αντιπροσωπεύουν πλήθος κατηγοριών, όπως κεραμική, πλαστική, μεταλλοτεχνία, λιθοτεχνία, αρχιτεκτονική, επιγραφική, νομισματική, κοσμηματοποιία, μικροτεχνία, υαλουργία, οργανικά κατάλοιπα, ανθρωπολογικό-σκελετικό υλικό κλπ.

Μέση Παλαιολιθική Περίοδος έως Μεσολιθική Εποχή (100.000 - 6.800 π.Χ.)

Νεολιθική Εποχή (6.800 - 3.200 π.Χ.)

Εποχή Χαλκού (3.200 - 1.100 π.Χ.)

Υπομυκηναϊκή - Γεωμετρική Περίοδος (1.100 - 700 π.Χ.)

Αρχαϊκή Εποχή (700 - 480 π.Χ.)

Κλασική Εποχή (480 - 323 π.Χ.)

Ελληνιστική Εποχή (323 - 167 π.Χ.)

Ρωμαϊκοί Χρόνοι (167 π.Χ. - 4ος αι. μ.Χ.)

Βυζαντινοί Χρόνοι (4ος αι. μ.Χ. - 1430)

Μεταβυζαντινοί Χρόνοι (1430 - )