Η Μόνιμη Έκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηγουμενίτσας, με τίτλο «Θεσπρωτών Χώρα»  αναπτύσσεται σε τρία επίπεδα και είναι δομημένη σε πέντε επιμέρους θεματικές ενότητες:

αρχαιολογική ~ ιστορική αναδρομή

οικισμοί των ιστορικών χρόνων

δημόσιος βίος

ιδιωτικός βίος

ταφικά έθιμα

Καθοριστικό ρόλο για την επιλογή των εκθεσιακών ενοτήτων διαδραμάτισαν οι αρχές της σύγχρονης μουσειολογίας, οι οποίες υπογραμμίζουν τη σημασία της ύπαρξης συνοχής σε σχέση με την αφήγηση προαποφασισμένου σεναρίου και τον σχεδιασμό της πορείας του επισκέπτη. Έτσι δημιουργήθηκε ένα «σενάριο» με συνεχή ροή, που συμπίπτει με τη διαδρομή που ακολουθεί ο επισκέπτης και το οποίο σχηματοποιείται ως εξής:

ιστορικό υπόβαθρο / χρονολόγιο: οι σημαντικότεροι αρχαιολογικοί - ιστορικοί σταθμοί της ανθρώπινης παρουσίας στην αρχαία Θεσπρωτία

ο τόπος: τα μοντέλα των οικισμών

ο τρόπος ζωής: ο δημόσιος βίος και οι καθημερινές ασχολίες

ο θάνατος: τα έθιμα, οι ταφικές πρακτικές και οι αντιλήψεις για το θάνατο

Στην πρώτη αίθουσα, στο ισόγειο του Μουσείου, μετά από μία εισαγωγική εκθεσιακή ενότητα για την ιστορία της περιοχής, στην οποία σκιαγραφείται, χρονολογικά, η ανθρώπινη παρουσία από την απώτερη προϊστορία έως τους βυζαντινούς χρόνους, ακολουθεί μια σύντομη παρουσίαση των σημαντικότερων αρχαίων οικισμών που έχουν ερευνηθεί στη Θεσπρωτία: Γίτανα, Ελέα, Ντόλιανη-Φανοτή και o ρωμαϊκών~παλαιοχριστιανικών χρόνων οικισμός στο Λαδοχώρι Ηγουμενίτσας.

Τα ευρήματα που εκτίθενται στις δύο αίθουσες του ημιoρόφου ζωντανεύουν πτυχές του δημόσιου βίου (οικονομική οργάνωση των αρχαίων κοινωνιών, πολιτειακοί θεσμοί και δημόσια κτίρια, πόλεμος και οπλισμός, ιερά και οι λατρείες) και της ιδιωτικής ζωής (επαγγέλματα, κατοικία και ζωή μέσα στο σπίτι, ένδυση καλλωπισμός και προσωπική υγιεινή, παιχνίδι και διασκέδαση) των κατοίκων της Θεσπρωτίας κατά την αρχαιότητα, τη ρωμαιοκρατία και τους βυζαντινούς χρόνους.

Η τελευταία αίθουσα, στον άνω όροφο της έκθεσης είναι αποκλειστικά αφιερωμένη στην ενότητα για τα ταφικά έθιμα με την οποία και ολοκληρώνει ο επισκέπτης την περιήγησή του στο μουσείο.

Τα εκθέματα στις προθήκες ζωντανεύουν με τη βοήθεια πλούσιου εποπτικού υλικού (υπομνηματισμός και πληροφοριακά κείμενα, χάρτες, εικόνες, σχέδια, διαγράμματα, ζωγραφικές αναπαραστάσεις) και τρισδιάστατου υλικού τεκμηρίωσης (αναπαραστάσεις αντικειμένων και των λειτουργιών τους, μακέτες), ενώ για την καλύτερη κατανόηση των ευρημάτων δεν λείπουν οι προσπάθειες αναπαράστασης  εσωτερικών χώρων (μαγειρείο, αποθήκη, λουτρό).

Mε τη βοήθεια των νέων τεχνολογιών (οθόνες αφής και βιντεοπροβολές) σε διάφορα σημεία του εκθεσιακού χώρου δίνεται η δυνατότητα στους επισκέπτες να αντλήσουν επιπλέον στοιχεία και πληροφορίες.