Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηγουμενίτσας αποτελεί ένα σύγχρονο περιφερειακό μουσείο που λειτουργεί από τα τέλη του 2009 σε νεόδμητο κτήριο στη βόρεια είσοδο της πόλης.

Το 1989, επί Υπουργίας Μελίνας Μερκούρη, αποφασίζεται η ανέγερση Αρχαιολογικού Μουσείου στην πόλη της Ηγουμενίτσας. Η θέση που είχε αρχικά επιλεγεί ήταν στο δασύλλιο της πόλης (λόφος Διοικητηρίου), όπου τα ερείπια μεσαιωνικού κάστρου. Πέρασαν άλλα επτά χρόνια μέχρι να οριστικοποιηθεί η χωροθέτηση του μουσείου στη σημερινή του θέση, σε οικόπεδο που παραχώρησε ο Δήμος Ηγουμενίτσας.

Η κατασκευή του κτηρίου του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηγουμενίτσας ξεκίνησε το 1999 με την ένταξη του έργου ''Οικοδομικές και Ηλεκτρομηχανολογικές εργασίες ανέγερσης Μουσείου Ηγουμενίτσας'' στο Β΄ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης. Η αποπεράτωσή του εντάχθηκε στη συνέχεια στο Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα της Περιφέρειας Ηπείρου (Γ' Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης) με τίτλο ''Αποπεράτωση Οικοδομικών και Ηλεκτρομηχανολογικών εργασιών ανέγερσης Μουσείου Ηγουμενίτσας''.

Κατά τις εκσκαφές για τη θεμελίωση του κτηρίου εντοπίστηκε και ανασκάφηκε τμήμα νεκροταφείου ρωμαϊκών χρόνων (1ος - 4ος αι. μ.Χ.) που συνδέεται με τον παράκτιο οικισμό νοτιότερα στον μυχό του κόλπου της Ηγουμενίτσας, στην περιοχή του σημερινού Λαδοχωρίου. Οι τάφοι που ερευνήθηκαν απομακρύνθηκαν στη συνέχεια από τον χώρο, ενώ μέρος των ευρημάτων εκτίθεται σήμερα σε σχετική ενότητα της αίθουσας του μουσείου που είναι αφιερωμένη στα ταφικά έθιμα.

Παράλληλα με την κατασκευή των κτηριακών εγκαταστάσεων προχωρούσε ο μουσειολογικός - μουσειογραφικός σχεδιασμός και η οργάνωση της Μόνιμης Έκθεσης Αρχαιοτήτων. Το έργο ''Έκθεση Αρχαιολογικού Μουσείου Ηγουμενίτσας Θεσπρωτίας'' εντάχθηκε στο Μέτρο 3.3 του Περιφερειακού Επιχειρησιακού Προγράμματος Ηπείρου του Γ' Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης. Οι εργασίες ξεκίνησαν στις 03.10.2003 και ολοκληρώθηκαν στις 30.06.2009, ενώ το μουσείο άνοιξε τις πύλες τους για το κοινό τον Δεκέμβριο του 2009.

Η συλλογή της μόνιμης έκθεσης του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηγουμενίτσας με τίτλο «Θεσπρωτών Χώρα» καλύπτει ένα ευρύ χρονολογικό φάσμα από τη Μέση Παλαιολιθική περίοδο έως τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους, ενώ περιλαμβάνει και μικρό αριθμό αντικειμένων των βυζαντινών-μεταβυζαντινών χρόνων. Μέσα από πέντε επιμέρους θεματικές ενότητες και περισσότερα από 1600 εκθέματα, προβάλλεται η μακραίωνη ιστορία και το πλούσιο αρχαιολογικό παρελθόν της Θεσπρωτίας με έμφαση κυρίως στην Ελληνιστική εποχή, μία περίοδο μεγάλης άνθισης και ιδιαίτερα αντιπροσωπευτική για την περιοχή. Τα ευρήματα, πολλά από τα οποία εκτίθεντο ή φυλάσσονταν παλαιότερα στα Αρχαιολογικά Μουσεία Κέρκυρας και Ιωαννίνων, προέρχονται από ανασκαφικές έρευνες που πραγματοποιήθηκαν σε ολόκληρη τη Θεσπρωτία από τη δεκαετία του 1960 έως πρόσφατα.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηγουμενίτσας αποτελεί, πλέον, έναν ζωντανό πολιτιστικό πυρήνα μέσα στην πόλη της Ηγουμενίτσας, με όλες τις σύγχρονες υποδομές για το κοινό. Εκτός από τους χώρους της μόνιμης έκθεσης το μουσείο διαθέτει αίθουσα πολλαπλών χρήσεων («Αίθουσα Σωτήρης Δάκαρης»), αίθουσα βιντεοπροβολών, μικρό αμφιθέατρο και ανοικτή ταράτσα, όπου διοργανώνονται και φιλοξενούνται περιοδικές εκθέσεις, ποικίλες πολιτιστικές εκδηλώσεις, εκπαιδευτικά προγράμματα κ.α., καθόλη τη διάρκεια του έτους, διατηρώντας ζωντανή τη σχέση του μουσείου με το κοινό και προσφέροντας εναλλακτικούς τρόπους μάθησης και ψυχαγωγίας.

Παράλληλα, το μουσείο λειτουργεί και ως σημείο πληροφόρησης και ενημέρωσης του κοινού για τους επισκέψιμους, οργανωμένους αρχαιολογικούς χώρους της Θεσπρωτίας, από τους οποίους προέρχεται η πλειονότητα των κινητών μνημείων που συμπεριλαμβάνονται στη μόνιμη έκθεση.

Το μουσείο καλύπτει, επιπλέον, τις ανάγκες του διοικητικού και επιστημονικού προσωπικού, διαθέτοντας χώρους γραφείων, ένα πλήρως εξοπλισμένο εργαστήριο συντήρησης και χώρο καταγραφής των ευρημάτων, εργαστήριο οστεοαρχαιολογίας, το οποίο εξοπλίστηκε με την ευγενική χορηγία του Ιδρύματος Σταύρος Νιάρχος, φωτογραφικό αρχείο, καθώς και βιβλιοθήκη.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηγουμενίτσας είναι από τα πρώτα πιστοποιημένα δημόσια ελληνικά μουσεία,  μαζί με τα Αρχαιολογικά Μουσεία Άρτας, Ιωαννίνων και Νικόπολης, έχοντας παραλάβει επίσημα τον τίτλο από την Υπουργό Πολιτισμού τον Ιούλιο του 2024.